Как лучше поступить?

[nel]

elisa, если вы говорили, что он друг друзей, то и дальше так говорите. И никого не волнует подоплека ваших интимных отношений. Они даже не имеют права спрашивать!

Волнует.Особенно работников консульства. И спрашивать не просто будут - обязаны. Не стоит сбивать с толку - тут и так ситуация сложная.

В случае с визой невесты, могут ли отказать, при наличии до этого отказа на студенческую визу?

Нет, не могут - это разные причины поездки.

Или второй вариант делать брак в России, но большой ли тут процент отказа давать разрешение на брак?

Процент отказа 0. Особенно за деньги. Вам не 12 лет.

Стоит ли подавать документы в Москве, а не в Питере. В Питере они явно могут припомнить мне о том, что я всегда говорила, что он сын близких друзей к которым я еду. А в Москве никто ничего не знает, да и наверное посольство как то серьёзней, чем консульство, может там и по срокам получилось бы быстрее?

Вы обязаны подавать документы по вашей прописке - то есть в обслуживающее ваш регион консульство.

Да не морочьте вы себе голову - просто оформите брак в России в краткие сроки и спокойно выедете во Францию как супруга.