Гость вынужден нарушить режим пребывания во Франции из-за коронавируса (>3 мес)

[olena_k]

Насколько нежелательно заключать брак по просроченной визе? не будет ли это затем поводом для отказа в долгосрочной визе Д?

Это нежелательно. Но у вас в любом случае только подача документов на 4 июня. А на когда свадьбу назначат неизвестно, минимум две недели все равно предусмотрено на баны и тп.
И так как ваша страна не прерывала сообщкение и не закрывала границы, может получиться нарушение визового режима.