Виза жены

[Small_birdie]

но как я знаю ждать надо 3-4 месяца

Вы не можете знать заранее, как раз за 2 месяца - нормально подавать, раз записали, то и хорошо

выдали визу для получения гражданства

Это долгосрочная виза. А таких, как вы её назвали, не существует.
Дважды её не дают в вашем случае.

Или вообще сидеть и ждать вида на жительство?

Вам в любом случае должны дать расписку в получении документов, не дадут - попросите обязательно (мне раз не дали, так как вид на жительство был годен ещё 2 месяца).
Вот с этой распиской в случае, если не дадут вид на жительство, и поедете.

Стоит ли мне делать новую визу в настоящий паспорт?

Вид на жительство - это пластиковая карточка, а новую долгосрочную визу в вашем случае не дадут.
В любом случае паспорт нужно будет поменять, быстрее и проще его сделать на родине.