Cмена статуса с "vie privée et familiale" на "scientifique"

[Nancy]

Либо ехать во Францию, получать там вид на жительство и пытаться как-то менять статус.

ИМХО, лучше было бы не выезжать из Франции, не получив ВНЖ vie privée et familiale (который, вполне возможно, устроил бы униврситет). Но что сделано, то сделано.
Новую "самостоятельную" визу будут оформлять по срокам из convention d'accueil, то есть сидеть придется долго.

Лучше будет подать на визу супруги научного работника (пусть супруг опять пришлет контракт, документы на жилье и прочее), если есть приглашение в аспирантуру, несите его тоже. Но подавайтесь как супруга, чтобы уже сейчас ехать.