Две версии одной фамилии

[mama NOXa]

Доброго времени суток!
Мой сын заканчивает в этом году лицей во Франции, мы с мужем - в России.
В августе 2005 года поменяли ему загранпаспорт. В написании нашей фамилии есть буква «Ю». В прежнем паспорте ее транскрипция выглядит как “IOU”, в новом – как “YU”. Кроме этого, в «старой» версии в конце фамилии стояла буква «E», в новом - ее нет. Имя тоже изменилось. Было “Ilia”, стало “Ilya”.
Ситуация нас не тревожила до тех пор, пока не пришло время подавать документы в ВУЗ.
В школе во всех бумагах он идет под «старой» фамилией. Часть экзаменов на аттестат зрелости уже успешно сдана в прошлом году. Скорее всего, что и БАК будет оформлен на прежнюю транскрипцию (хотя на экзамены они идут с действующими паспортами - как здесь быть?).
На днях сын оформлял в парижском консульстве Германии визу для поездки в Берлин на каникулы, на две недели. Паспорт и приглашение – на одну фамилию (из нового паспорта), справка из школы – на другую (из старого паспорта - так же, как он значится в своей французской школе). Здесь ему долго пришлось доказывать, что эти документы на одно и то же лицо, и визу он получил только потому, что офицер просто пошла ему навстречу, в виде исключения.
Просим совета – как поступать в такой ситуации. Предвидим проблемы при зачислении в ВУЗ Франции, при сдаче экзаменов на БАК и при получении в России студенческой визы - БАК на одну фамилию, в загранпаспорте - совсем другая, мало похожая на прежнюю.
Будем очень благодарны всем откликнувшимся.